Počátky Jakubova zůstanou vždy nejasné. Ví se sice bezpečně, že jméno vsi je spojeno se zasvěcením Jakubovského kostela sv. Jakubu Staršímu, avšak kostel vznikl teprve na počátku 13. století a historikové předpokládají, že tu existovala vesnice již před založením kostela. Jaké bylo její jméno, však nevíme.
První písemná zpráva o Jakubově pochází z doby kolem poloviny 13. století a dá se z ní usuzovat, že prvním známým držitelem Jakubova byl Wolfram (Olbram) Schenk z Schenkenberku. Některý z jeho potomků založil v druhé polovině 13. století v Jakubově vodní hrad, v místě, které se označuje dodnes názvem Hrad a kde nyní stojí několik domků.
Ve 14. století se v Jakubově těžilo stříbro.
Když Schenkové v mužské linii vymřeli, získal jakubovské panství na počátku 14. století Filip z Pernštejna. On I Jeho potomci na Jakubově OSM až do roku 1384 a používali přídomku „z Pernštejna a z Jakubova" - hrad tedy určitě existoval a výslovně se uvádí roku 1354.
Z majetkových zápisů je zřejmé, že před husitskými válkami byl v Jakubově vedle opevněného sídla - hradu - rovněž panský dvůr. Koncem 15. století se majiteli Jakubova stali Krajířové z Krajku. V zápisu prodeje se už nezmiňuje sídlo (hrad) a z toho se usuzuje, že bylo již pusté. Krajířové se postarali o povýšení Jakubova na městečko, které proto převzalo do znaku jejich erb.
Třicetiletá válka změnila vzkvétající městečko ve zpustlou vesnici a Jakubov nějaký čas náležel panství moravskobudějovickému. Koncem 17. století byl Jakubov prodán spolu s Vranínem a Lukovem za 60 000 zlatých rýnských panství jaroměřickému, které tehdy náleželo hrabatům z Questenberku.
Roku 1843 žito ve vsi 251 mužů a 289 žen v 81 domech, které byly přízemní, nízké, s malými okny, postavené z kamene a z vepřovic, kryté došky.
V první polovině 19. století se na mnoha místech našeho kraje dolovala železná ruda. Dolovalo se i na panství jaroměřickém v Jakubově a ruda byla dodávána do Bolíkova u Dačic. Do roku 1861 patřil Důl sv. Matěje v Jakubově svobodné pant Marii Riesse Stallburg, jíž patřily i železárny v Sobkové. Pokusy s obnovením dolováni železné rudy po I. světové válce se omezily jen na přípravné práce - odkrytá železná ruda byla nekvalitní.
Do první světové války v letech 1914-1918 odešlo z Jakubova 135 mužů, z toho se jich 26 nevrátilo. Po 1. světové válce měl Jakubov 103 čísel, stavby v obci byly většinou zděné a převážně kryté křidlicí, jen asi čtvrtina střech zůstala doškových.
Na společenský život v obci před 1. světovou válkou a po ní měly největší vliv dva mládežnické spolky: v roce 1909 založil monsignor Matěj Kabelka Místní jednotu katolické omladiny, v roce 1919 vznikla Místní jednota republikánského dorostu. jejich činnost spočívala především v pořádání společenských akcí a divadel.
Druhá světová válka veškerý spolkový kulturní život v obci přerušila. Během okupace bylo na nucené práce nasazeno 24 jakubovských občanů. Někteří obětaví vlastenci z řad obyvatel obce riskovali svoje životy, když spolupracovali s partyzány.
V roce 1950 bylo založeno Jednotné zemědělské družstvo Jakubov a začala tzv. socializace vesnice, která pro mnohé skončila soudem, vězením, ztrátou majetku a vystěhováním z obce. Živnosti byly znárodněny.
Mládežnické spolky po vále svoji činnost neobnovily. Nové byl založen československý svaz mládeže, později přejmenovaný na Svaz socialistické mládeže. Po válce v obci začali opět pracovat: včelaři, Sbor dobrovolných hasičů a Svaz chovatelů drobného hospodářského zvířectva. V 50. a 60. letech byly založeny nové spolky: Myslivecký spolek, Svaz československo-sovětského přátelství, Český červený kříž, český svaz žen, Český ovocnářský a zahrádkářský svaz, Sbor pro občanské záležitosti a v 70. letech k nim přibyla TJ Družstevník Jakubov.
JZD Jakubov se v roce 1960 sloučilo s JZD Martínkov, později s JZD Domamil a v roce 1977 došlo ke sloučení JZD Jakubov s JZD Lesonice.
V roce 1964 byla obec Martínkov připojena pod Místní národní výbor Jakubov. K oddělení obou obcí došlo v roce 1990. kdy se konaly nové volby a byly opět obnoveny obecní úřady.
V druhé polovině 20. století proběhly následující akce, mnohé z nich se uskutečnily za významné brigádnické pomoci občanů.
1954-1956 meliorace (regulace) potoka
1958 postavena autobusová čekárna u státní silnice
1958-1959 stavba nové školy
1961 otevřen kulturní dům (přebudovaná stará škola)
1970 vybudována autobusová čekárna na návsi
1977 otevřena nová prodejna Jednoty (dnes Garmisch)
1977 otevřena budova požární zbrojnice a MNV
1978-1981 stavba nové mateřské školy
1982 přestavba staré školky na školní kuchyň a jídelnu
1982 výstavba sportovních kabin u hřiště
1984 otevřen nový výstavní areál u Bazénu
1984 kolaudace desetibytovky
1986 dokončen a napuštěn nový rybník Voráč
1986 započata demolice kulturního domu
1987 dokončena nová zděná čekárna na návsi
1990 u rybníka shořely kabiny a pivovarský pavilon
1991 slavnostní otevření kulturního domu
1996 provedena plynofikace obce
1997 vyasfaltování některých místních komunikací po plynofikaci